基于油体的生物反应器目标蛋白的工程化设计(3)

1.4目标油质蛋白核心区的预测与变异位点数目分析 基于大豆OLE基因的表达情况,挑选出在种子中表达量最高的OLE蛋白作为目标油质蛋白,然后将这个目标


1.4目标油质蛋白核心区的预测与变异位点数目分析

基于大豆OLE基因的表达情况,挑选出在种子中表达量最高的OLE蛋白作为目标油质蛋白,然后将这个目标油质蛋白的同源蛋白整理成一个FASTA文件,将这个文件导入到DNAMAN工具中,进行多序列比对,通过手工编辑删除非保守区,并删除所有Gap区段,最后留下最保守的区段。然后统计该区段内所有的变异情况,换句话说,就是从单个氨基酸水平,统计每个位点氨基酸种类数目。

1.5目标油质蛋白核心区的工程化改造分析

为对核心区进行工程化设计,我们首先利用Swiss-Model在线服务器对目标油质蛋白Glyma.04G077600的核心区进行三维结构预测,然后获取这个核心区的三维结构的PDB文件。根据目标油质蛋白核心区的位点氨基酸变异程度,把目标油质蛋白Glyma.04G077600的保守区域中的每一个位点氨基酸突变成为另外一个氨基酸,然后将目标油质蛋白核心区PDB文件上传到MAESTROweb在线工具,对这些突变后的该核心区三维结构的稳定性进行评价,根据稳定性的能量改造该蛋白的核心区。