1材料和方法

1.1油菜COX-2蛋白亚基来源

在NCBI数据库检索下载了10条油菜COX-2蛋白亚基序列。其结果如下(表1)：

表1 10条油菜COX-2蛋白亚基序列信息

Table 1 Information of ten COX-2 protein subunits sequence from rapeseed

序列登录号 氨基酸序列长度 基因组序列登录号 在基因组中的编码区（CDS） 对应的基因序列登录号

GI:112253918 260 NC_008285.1

207720-207802

209152-209851 YP_717172

GI:112253875 440 NC_008285.1

82272-82984

84244-84943 YP_717130

GI:37591120 260 AP006444.1

207720-207802

209125-209851 BAC98922

GI:37591077 440 AP006444.1

82272-82894

84244-84943 BAC98879

GI:808178880 440 KP161618.1

96356-96978

98328-94027 AKD00191

GI:808178844 260 KP161618.1

221810-221867

1-25

1375-2074 AKD00155

GI:730043135 260 KM454975.1

86223-86305

87655-88354 AIZ06254

GI:730043102 440 KM454975.1

222815-223412

1-25

1375-2074 AIZ06221

GI:730043059 260 KM454974.1

86223-86305

87655-88354 AIZ06179

GI:730043026 440 KM454974.1

222815-223412

1-25

1375-2074 AIZ06146

1.2油菜COX-2蛋白亚基理化性质，跨膜螺旋区，疏水性分析

ExPASy网站内利用ProtParam软件（http://web.expasy.org/protparam/）对油菜COX-2蛋白亚基进行分子质量、理论等电点、氨基酸组成、消光系数、稳定性等理化性质分析；在http://expasy.org/proteomics上使用TMHMM工具对其进行跨膜区和跨膜方向的预测；利用ExPASY服务器的ProtScale程序对油菜COX-2蛋白亚基进行亲水/疏水性分析。

1.3油菜COX-2蛋白亚基亚细胞定位，基因定位，基因结构信息分析

利用TargetP1.1Server工具对其进行亚细胞定位分析；利用GSDS工具分析基因结构。

1.4油菜COX-2蛋白亚基保守区域和变异区分析

用NCBI中的Conserved Domain Search 软件对其保守域进行分析

1.5油菜COX-2蛋白亚基进化分析

先利用NCBI数据库中提供的Blast－protein（序列比对工具进行同源性比对获得其同源序列，然后利用DNAman软件进行多序列比对和构建进化树。