二化螟Pain,Wtrw和NompC基因克隆及序列分析 (2)

1材料与方法 1.1供试昆虫 本实验所用的昆虫为二化螟,是2016-2017年采自江西南城的田间种群。供试种群参照韩兰芝等(2009)推荐的人工饲料配方进行室内


1材料与方法

1.1供试昆虫

本实验所用的昆虫为二化螟,是2016-2017年采自江西南城的田间种群。供试种群参照韩兰芝等(2009)推荐的人工饲料配方进行室内饲养。饲养条件保持稳定:温度28℃±1℃,相对湿度70%±10 %,光周期16h:8h(L:D)。体重范围6-9mg的四龄中期幼虫为标准供试昆虫。

1.2主要试剂和仪器

1.2.1主要试剂

a) 总RNA提取试剂(TRIzol Reagent)购自上海Invitrogen公司;

b) TaKaRa LA Taq with GC Buffer、pMD™19-T Vector Cloning Kit均购自Takara宝生物工程(大连)有限公司;

c) M-MLV反转录(BioTeke supermoⅢ RT Kit)购自北京百泰克(BioTeke)生物技术有限公司;

d) IPTG、X-gal和Ampicillin购自北京索莱宝(Solarbio)科技有限公司;

e) DH5α Competent Cell购自北京康为世纪(cwbiotech)生物科技有限公司;

f) 凝胶回收试剂盒(E.Z.N.ATM Gel Extraction Kit)购自美国OMEGA Bio-tek公司。

g) 2×Taq Master Mix (Dye Plus)、Marker等购自南京诺唯赞(Vazyme)生物科技有限公司

1.2.2主要仪器

微量移液器 德国Eppendorf

凝胶成像系统(VersaDoc MP 4000) 美国Bio-Rad

全自动样品快速研磨仪(Tissuelyser-48) 上海净信科技

紫外分光光度计(Nanodrop 1000) 美国Thermo Fisher Scientific

AllegraTM 64R 离心机 美国Beckman

Master cycler Nexus PCR仪 德国Eppendorf

水平式核酸电泳仪 北京市六一仪器厂

4℃/-20℃双门冰箱 德国西门子

-80℃冰箱 日本SANYO

RXZ智能型人工气候培养箱 宁波江南仪器厂

隔水式恒温培养箱 宁波江南仪器厂

Thermomixer comfort 德国Eppendorf

恒温水浴锅DK-8D 上海精宏实验设备有限公司

QYC-2102C小容量双层恒温摇床 宁波江南仪器厂

超净工作台 宁波江南仪器厂

1.3试验方法

1.3.1二化螟总RNA的提取及cDNA的合成

取20头二化螟成虫和若虫,加入1 mL TRIzol Reagent,用Tissuelyser将虫体磨碎,按照Invitrogen公司的TRIzol总RNA提取试剂盒说明书进行,然后使用紫外分光光度计(Thermo Nanodrop 1000)对所提取的RNA进行纯度及浓度测定,-70℃保存待用。

用于片段克隆的cDNA模板按照百泰克M-MLV反转录试剂盒中的说明书进行操作,得到的cDNA放置于-20℃保存待用。

1.3.2生物信息学分析及基因克隆

通过果蝇基因和基因组数据库Flybase获得黑腹果蝇已报道的pain基因的蛋白序列,然后将获得的蛋白序列与NCBI(National Center of Biotechnology Information,)中二化螟基因组数据库(Genbank accession numbers: AOSB00000000) 以及本实验室所测二化螟转录组数据库进行TBLSATN比对,获得二化螟pain基因的序列片段。依据上述分析所得的假定序列,使用软件 Primer premier 5.0 设计扩增全长引物: CsPainF:5′-AGAAACCACCAGATGCGATTGCAGC-3′ , CsPainR :5′-GTGGATCGCTCTTCGGCGCAGA-3′;然后利用NCBI在线引物设计网站()对所设计引物序列进行验证评分。

基因克隆使用Takara公司的LA Taq® with GC Buffer试剂盒,并按照说明书进行操作,以二化螟幼虫cDNA为模板,用LATaq酶扩增CsPain。PCR 反应体系为:10×LA PCR BufferII(Mg2+ Plus)5 μL,dNTP Mixture(2.5 mmol·L-1 each)8 μL,模板 cDNA 2 μL,F 引物(10 μmol·L-1) 2 μL,R引物(10 μmol·L-1) 2 μL,LA Taq(5 U·μL-1)0.5 μL,灭菌蒸馏水补足至 50 μL 体系。扩增反应条件为:94℃预变性 3 min;94℃变性30 s,50—55℃退火30 s,72℃延伸3 min, 35个循环;最后72℃延伸10 min。RCR产物通过琼脂糖凝胶电泳进行条带鉴定,并将正确的亮带进行割胶,然后使用OMEGA公司的胶回收试剂盒(E.Z.N.ATM Gel Extraction Kit)并按照说明书对PCR产物进行回收纯化。将回收得到的目的基因连接到T载体,按照Takara公司的pMDTM 19-T Vector Cloning Kit说明书操作,连接体系如下:pMDTM 19-T Vector 1 μL,solutionI 2 μL,PCR产物2 μL。然后将连接有目的基因的质粒转入DH5α感受态细胞,并将转化后的DH5α细胞均匀涂布于含有LB培养基的平板中,倒置培养16h后进行蓝白斑筛选,挑取白斑进行菌液PCR,然后通过琼脂糖凝胶电泳对目的基因与T载体的连接效果进行鉴定,菌液PCR按照南京诺唯赞公司(Vazyme)的2×Taq Master Mix说明书进行操作,引物使用pUC系列质粒的通用引物M13F和M13R。将菌液PCR验证正确的菌落接入LB培养液并于37℃摇菌扩繁,然后将这些菌液送至南京擎科生物公司测序部进行测序。