1、材料和方法

1.1材料来源序列

利用在线NCBI数据库中查询下载MDH的CDS和蛋白序列，本研究分别以CDS序列和蛋白序列为目的序列，进行相关的同源性生物信息学分析[6]。待分析序列如下。

下载得到的CDS序列

>Arabidopsisthaliana

ATTGAATTCTGTCTTGATCACTTTCGATTCTCTCAAAAAATCCCATAACTTTCCCAACGAAAAATGTTCCGATCAATGATTGTTCGATCTGCTTCCCCAGTGAAGCAGGGTCTTCTCCGCAGAGGATTCGCCTCTGAATCTGTTCCCGATCGCAAAGTCGTCATCCTCGGTGCCGCCGGTGGGATCGGCCAGCCACTTTCTCTTCTCATGAAGCTTAACCCTCTCGTCTCTTCTCTCTCCCTCTATGATATCGCCAACACTCCCGGCGTTGCTGCTGACGTCGGTCACATCAACACCCGATCTCAGGTTTCTGGGTACATGGGTGATGATGATTTGGGGAAAGCTCTAGAAGGCGCTGACCTCGTCATTATTCCAGCTGGTGTCCCAAGGAAGCCTGGCATGACCCGTGATGATCTTTTCAACATCAATGCTGGCATTGTCAAGAACCTCAGCATCGCCATCGCCAAGTATTGCCCACAAGCACTTGTCAACATGATCAGCAACCCTGTGAACTCCACTGTTCCAATTGCAGCTGAGATTTTTAAGAAGGCTGGTACCTATGATGAGAAGAAATTATTCGGTGTCACCACTCTTGATGTTGTCAGGGCTAGGACTTTCTATGCTGGAAAATCGGATGTCAATGTTGCAGAGGTTAATGTTCCAGTTGTTGGTGGTCATGCTGGCATCACGATTCTTCCTCTCTTTTCTCAGGCTAGCCCTCAAGCCAACTTGTCGGATGATTTAATCAGGGCCCTCACAAAGCGTACCCAGGACGGAGGGACAGAAGTCGTGGAGGCAAAAGCTGGAAAGGGTTCAGCTACATTGTCAATGGCCTATGCGGGAGCACTCTTTGCTGATGCATGCTTAAAGGGACTCAACGGTGTTCCAAATGTGGTGGAATGCTCATTCGTCCAATCTACCATCACCGAGCTTCCTTTCTTCGCCTCAAAGGTAAGACTGGGAAAGAACGGAGTGGAGGAAGTGCTAGATCTAGGGCCACTCTCAGACTTTGAAAAGGAAGGCTTAGAAGCCCTCAAGGCAGAACTCAAATCCTCTATCGAGAAGGGCATCAAATTTGCCAACCAATGAGTTTTTGCATCTTGAAACTATTGATTTTGGACTAAACTTTAGGTTAATGTTTGTCTTTCCAATTTTCCGGTAGAGTTGTCTTCTTCCTCTGCGGATTTTATAATTTCCCTTCAATAAATTCTCCATTTCTGCTCTTGAGGAACCAACCATTGGGAACTCTGTAATAAAAAGAACAAGCTGTTGTGCTGCTATGTTGGTTATGATTCGTTTTCCTTTTTCCTTATTGTTTGCTAGAAAAAAGAAAGAAAATAATAAATCGTTGTGAGTTGCATTATTTGGGCAACTACTACTACTATTCATAAGTTGC

蛋白序列：

>Arabidopsisthaliana

MFRSMIVRSASPVKQGLLRRGFASESVPDRKVVILGAAGGIGQPLSLLMKLNPLVSSLSLYDIANTPGVAADVGHINTRSQVSGYMGDDDLGKALEGADLVIIPAGVPRKPGMTRDDLFNINAGIVKNLSIAIAKYCPQALVNMISNPVNSTVPIAAEIFKKAGTYDEKKLFGVTTLDVVRARTFYAGKSDVNVAEVNVPVVGGHAGITILPLFSQASPQANLSDDLIRALTKRTQDGGTEVVEAKAGKGSATLSMAYAGALFADACLKGLNGVPNVVECSFVQSTITELPFFASKVRLGKNGVEEVLDLGPLSDFEKEGLEALKAELKSSIEKGIKFANQ

1.2基因同源性生物信息学分析所使用的软件及操作步骤

1.2.1同源性分析软件及操作步骤

在NCBI网站上进行BLAST比较；

操作步骤：1、打开NCBI，在AllDatabases输入MalateDehydrogenase后点search网页转至下一个页面；

2、选中基因会弹出新的界面，出现有关MDH基因的结果,选择与植物相关的序列下载；

3、下载步骤：选中一条序列点开,出现一个界面点GeneBank,然后出现下一个界面点sendto、file、FAST、Greatfile该基因序列下载完成；

4、基因下载完后，紧接着在这个界面下拉找到protein_id如protein_id="NP_190336.1，下载蛋白质序列，同样保存FAST格式。

1.2.2MDH的基因和蛋白质序列比对软件及操作步骤

运用Bioedit进行序列比对；

操作步骤：1、将已下载的需要进行序列比对的序列用UltraEdit进行编辑，即粘贴至一个文本内，保存；

2、用Bioedit将已重新编辑过的序列打开；

3、点击AccessoryApplication后，出现一系列选项，选择ClustalWMultiplealignment；

4、弹出新窗口，在原有基础上选择CalculateNJtree、FASTalgorithmforbootstraps、OutputClustalformatwithClustalconsensussequencegeneration；

5、点击RunClustalW，点击OK；

6、现出结果，保存，分析，备用。

1.2.3MDH系统发育树的构建软件及操作步骤

利用MEGA对其进行系统发育树的建构。

操作步骤：1、用MEGA把比对序列的alignment文件软件打开；

2、然后点击Alignment,选择AlignbyClustalW；

3、点击确认；

4、弹出新页面，点击Data；

5、点击ExportAlignment，选择MEGAFormat；

6、将新保存的MEGA格式的文件打开；

7、点击Phylogcny,选择BootstrapTestofPhylogcny、Construct/TestNeighbor-JoiningTree；

8、点击Cumputer,，出现NJTree；