1、材料来源与方法

1.1材料来源

从NCBI数据库中查询油菜线粒型NADH脱氢酶亚基，搜索结果显示其共有9种亚基，且每种亚基都有多个序列，下载其中一类亚基序列。序列号如下；

gi|808178876|gb|AKD00187.1；gi|730043155|gb|AIZ06274.1|；gi|730043079|gb|AIZ06199.1|；gi|112253909|ref|YP_717098.1|；gi|37591111|dbj|BAC98913.1|

1.2分析方法

1.2.1序列对比分析

用NCBI数据库中的BLAST工具对这种亚基进行Blast，找到油菜线粒体型NADH亚基1的同源序列，用DNAMAN软件对亚基1这一类蛋白和这一类蛋白的同源序列进行多序列比对，制作序列对比图。

1.2.2保守结构域

因为下载的是蛋白质序列，直接用BLAST找到蛋白质分析图直接超链接CDD找到这种亚基的保守域。

1.2.3蛋白质基本理化性质分析

蛋白基本理化性质利用ExPASy网站的ProtParam在线工具进行分析。

1.2.4蛋白质亚细胞定位、磷酸化位点、跨膜区分析

按照蛋白质序列来源选择相应的亚细胞定位预测软件（利用EXPASY网站提供的链接），有时不同软件适应的蛋白质来源范围不一样，或者预测不同来源蛋白需要选择相应的参数设置。利用PSORT软件进行基因亚细胞定位；运用Netphos2.0软件对这种亚基分别进行磷酸化位点分析；在h上利用TMHMM工具分析蛋白质的跨膜区。

1.2.5二级结构．

以Expasy工具中的SOPMA软件进行蛋白二级结构分析

1.2.6三级结构预测

将蛋白质提交在线网站Phyre2和Swiss-Model进行三维结构模建，预测其三级结构。

2、结果与分析

2.1序列对比分析

运用DNAMAN软件进行多序列比对得到多序列比对。点击DNAMAN软件打开，用sequence中的Alignment的MultipleSequenceAlignment对下载的油菜线粒体型NADH亚基1的一类序列进行比对。比对的参数有5个，分别是gi|808178876|、gi|730043155|、gi|730043079、gi|112253909、gi|37591111，比对结果显示这5种参数的保守性达到了97.54%。且对油菜线粒体型NADH亚基1在BLAST中搜索蛋白的同源序列，找到了100种同源序列，下载其中同源性较高的序列，

进行序列比对得到结果如图1。比对参数为>gi|353526375（油菜）、>gi|224365610|（葡萄）、>gi|903844|（番木瓜）、>gi|254033619|（番木瓜）、>gi|323649881|（蓖麻）、>gi|661813552|（白楔）、>gi|404481671|（白萝卜）、>gi|15215922|（拟南芥）、>gi|353526498|（芥菜）、>gi|371925848|（白萝卜）、>gi|92090944|（拟南芥），结果显示它们的同源性为79.94%，相对较高，说明在进化过程中油菜线粒体型NADH脱氢酶亚基1这一类的蛋白没有多大的改变，较稳定。