杜鹃属基因组DNA提取方法的优化

以锦绣杜鹃为主要研究对象,采用改良的CTAB法,对其基因组DNA提取的方法进行优化,基于琼脂糖凝胶电泳法检测所提取DNA的浓度和纯度。我们对两个关键参数:叶片重量和水浴时间设置了不同


摘要:杜鹃属为杜鹃花科中最大的属,全球约有1200余种,分布广泛,为常见的园林绿化观赏植物。杜鹃属中许多的物种由于含有较多的毛、鳞片、腺体等导致其基因组DNA提取困难。本研究以锦绣杜鹃为主要研究对象,采用改良的CTAB法,对其基因组DNA提取的方法进行优化,基于琼脂糖凝胶电泳法检测所提取DNA的浓度和纯度。我们对两个关键参数:叶片重量和水浴时间设置了不同的梯度来寻找基因组DNA提取效果最好的组合。研究结果表明:水浴3小时,叶片称量为0.3g时,所提取的DNA浓度和纯度最好。基因组DNA提取的完整度及纯度直接影响到后续的研究如PCR及酶切等,我们的研究结果为杜鹃属物种在分子生物学方面的进一步研究提供了数据基础。

关键词:锦绣杜鹃;基因组DNA;改良的CTAB法;凝胶电泳

Optimization of Methods for Genomic DNA Extraction on Genus Rhododendron

Abstract: Rhododendron is the largest genus of Ericaceae with about 1,200 species, which distributed worldwide as the famous landscape ornamentals. Due to the various hairs, peltate scales, and glands, it is difficult to extract genomic DNA for Rhododendron.

In this study, based on the cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) method, we optimized the extraction methods for genomic DNA of Rhododenron pulchrum. And we used agarose gel electrophoresis to detect the quality and quantity of the genomic DNA. We set different grades for two key parameters: the weight of fresh sample and the different time for 65°C incubation. Our results indicated that the optimum protocol for R. pulchrum was as follows: 65°C incubation for 3 hours and fresh leaf weight of 0.3 g. The integrity and purity of genomic DNA had seriously impact on future research,such as PCR and restriction digestion.The results of this research provided the basic data for R. glutinosa at further research in molecular biology.

Keywords: Rhododendron pulchrum; genomic DNA; modified CTAB method; gel electrophoresis

目    录

摘要 1

引言 2

1  材料与方法 2

  1.1实验材料 2

   1.2实验试剂与药品 3

   1.3实验方法 3

   1.4 杜鹃属植物基因组DNA的制备 3

   1.5 DNA提取方法的优化 4

2  分析与讨论 5

  2.1 叶片用量对DNA产物扩增的影响 5

   2.2 水浴时间对DNA产物扩增的影响 6

   2.3 去糖处理对DNA产物扩增的影响 7

3  结论与展望 8

参考文献 10

致谢 11

杜鹃属基因组DNA提取方法的优化

引言

杜鹃属(Rhododendron L.)是杜鹃花科(Ericaceae)中最大的属【1】, 全世界约有1200余种,杜鹃属植物分布很广,大部分分布于欧洲、亚洲、北美洲,主产东亚和东南亚,在中国杜鹃属植物则主要集中在西南地区(云南、四川和西藏)【2-3】,它在我国西南山地,常形成大面积的天然菌落,对保持水土,净化环境,调节山区生态环境,维持生态系统的平衡发挥着重要的作用。另外,杜鹃花是中国著名自然野生名花之一【4-5】,也是世界著名的四大高山花卉之一, 历来享有 “花中两方色”的美誉,被誉为“花中西施”【6】,在园林景观构建和园艺品种配置上具有重要的观赏价值和经济价值【7-9】。同时,大多数杜鹃花科植物都具有非常高的药用价值,如黄酮类和挥发油大多具有抗菌消炎和止痰平喘化痰的作用和功能【10】,而其也是杜鹃花属植物典型的特征活性成分。

早在1753年瑞典植物学家就已经建立了植物花属,但是到目前为止杜鹃属的分类问题还是无法解决,后来经过许多研究者的探索与实践,分类系统经历数次变更【11-13】,出现了经典分类学,解剖学【14】,数量分类学【15】,化学分类学【16】等大量的研究报告,但是仍然有很多的基本问题得不到合理解决,比如说杜鹃属的系统进化与繁殖发育。分子标记(Randomly Amplified Polymorphic DNA)在植物的分子遗传学研究中具有操作方便,简单易懂,模板用量少,便于转移以及分析扩增产物的优点,是分子方向研究中一项非常重要的工具,可以用来解决杜鹃属植物分类的问题。还有虽然我国杜鹃属植物种类繁多,拥有世界上一半以上的杜鹃品种,但是由于杜鹃花植物绝大部分属于野生或者是半野生,有很多种类都无法进行分类及命名,取材也比较困难,再加上有一部分杜鹃种类材料特别稀少,导致其资源开发和整体利用水平相对较低,因此,为了高效科学和相关实验研究的需要,我们对杜鹃属植物基因组DNA的提取方法进行了必要的优化。