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在这里，我们提出了一种基于结构的计算方法，命名为 Concoord / Poisson-Boltzmann 表面积（CC / PBSA），用于快速和定量估计突变体的折叠自由能，即测量其构象
在这里，我们提出了一种基于结构的计算方法，命名为 Concoord / Poisson-Boltzmann 表面积（CC / PBSA），用于快速和定量估计突变体的折叠自由能，即测量其构象稳定性和预 测突变对蛋白质 - 蛋白质结合亲和力的影响。第一步是通过程序 Concoord 快速产生替代的 蛋白质构象，该方案对可用的配置空间进行有效采样。晶体或核磁共振（NMR）的输入结构 被转换为复合物的几何描述，从随机坐标开始，通过迭代校正坐标让所有几何约束达到满足 来生成突变体和野生型之间的 300-600 特定结构，然后基于物理化学（力场）和有效的连续 溶剂方法，利用泊松 - 波尔兹曼方程的解和非极性溶剂的特点在生成的结构集合（在线补 充方法）中得到平均。自由能近似于GCC/ PBSA = Gelectrostatic+ Gvander Waals + Gentropy⁜ 通过加权个体平均能量贡献（分别用于折叠自由能和蛋白质 - 蛋白质结合亲和力），水贡献被隐含地考虑在内。