2．2．2 簇毛麦Indel分子标记引物设计    簇毛麦通过Renseq-Pacbio测序并组装获得了含有NLRs基因的contig。根据已获得的簇毛麦NLRs基因的contig与普通小麦IWGSC数据库中的参考序列进行进行Blastn。依据其比对出的结果寻找二者同源序列间差异，尤其是插入或缺失区段。在比对的过程中，选择在两个插入或缺失多于3个碱基的序列位点处分别设计正向和反向引物，两个差异位点在200bp-500bp之间，利用软件 Primer 5 进行引物设计，引物长度 18-24bp，Tm 54-58℃，GC 含量 40-60%。此次实验所用到的引物由金斯瑞引物科技公司合成。

2．2．3整套小麦—簇毛麦整臂易位系鉴定   对整套小麦—簇毛麦整臂易位系的鉴定采取分子标记鉴定法。对于被鉴定的实验材料，先提取其DNA。然后根据已开发的簇毛麦的特异分子标记合成引物，再以提取实验材料的DNA为模板进行PCR扩增，根据凝胶电泳结果进行判断。如果可以扩增出特异片段则说明实验材料符合要求，可以进行下一步DNA的提取。如果不能扩增出特异片段则需要继续选择新的实验材料进行DNA的提取。