试剂名称生产厂家 巯基己醇(MCH) 乙二胺四乙酸(EDTA) 六氨合钌(RuHex) 焦碳酸二乙酯(DEPC) 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+) 牛血清血蛋白(BSA) 磷酸三氯
试剂名称 生产厂家
巯基己醇(MCH)
乙二胺四乙酸(EDTA)
六氨合钌(RuHex)
焦碳酸二乙酯(DEPC)
烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)
牛血清血蛋白(BSA)
磷酸三氯乙酯(TCEP)
人PARP(113kD)
3-AB(APRP抑制剂)
其他常规试剂 美国Sigma-Aldrich公司
美国Sigma-Aldrich公司
美国Sigma-Aldrich公司
美国Sigma-Aldrich公司
美国Sigma-Aldrich公司
美国Sigma-Aldrich公司
美国Sigma-Aldrich公司
美国 Trevigen公司
阿拉丁(上海)股份有限公司
国产分析纯
1.1.2实验溶液
实验中涉及的主要溶液均由从Milli-Q纯化水系统(Millipore Corp., Bedford, M)中收集的双蒸水配制,如表2所示。
表2 实验溶液
Table 2 Different buffers used in experiment
缓冲液 配方
固定缓冲液(I-buffer) 10 mM Tris–HCl,1 mM EDTA,10 mM TCEP和0.1 M NaCl,pH 7.4
杂交缓冲液(H-buffer) 10 mM PBS 和0.25 M NaCl,pH 7.4
结合缓冲液(B-buffer) 10 mM PBS,0.1 mM NaCl, 5 mM MgCl2和5 mM KCl, pH 7.4
洗涤缓冲液(W-Buffer) 20 mM Tris–HCl,0.1 M NaCl,5 mM MgCl2和1% Tween-20,pH 7.4
电化学阻抗谱(EIS)缓冲液 5 mM [Fe(CN)6]3-/4- 和 1M KNO3
方波伏安法(SWV)缓冲液 10 mM Tris-HCl 包括5μM RuHex,pH 7.4
1.1.3 实验DNA
寡核苷酸(c-kit-1)由上海英骏生物技术有限公司合成和纯化,序列如下:
c-kit-1:5′-SH-CCCGGGCGGGCGCGAGGGAGGG-GAGG-3′.
1.1.4实验仪器
电化学仪器CHI 660E(中国上海)
1.2 方法
1.2.1 金电极表面的预处理
采用经典的预处理方式进行金电极的预处理。具体步骤如下:用1微米、0.3微米三氧化二铁粉末分别对直径为3 mm金圆盘电极进行抛光,之后用酒精和超纯水分别超5分钟。清洗之后将金电极分别置于水虎鱼(浓硫酸∶H2O2 的体积比=3∶1)和50%的硝酸溶液中浸泡5分钟和30分钟。之后将处理好的电极置于0.5 M H2SO4 中,在0V-1.5 V电压范围内进行循环伏安扫描,扫速参数设置为0.1 V/s,直至达到稳定后,用氮气吹干电极表面。
1.2.2 c-kit-1修饰电极的组装
将上述1.2.1中经过经典方法预处理的金电极浸泡100 μL含0.2 μM c-kit-1的定溶液(10 mM Tris-HCl,10 mM TCEP,0.1 M NaCl,pH 7.4)室温孵育12小时,再将该电极浸泡于含1mM巯基己醇溶液1小时。用蒸馏水冲洗后,再将电极浸泡于100μL的四聚体形成溶液(50 mM Tris-HCl,100 mM KCl,pH 7.4),放置于95℃ 孵育5分钟后,缓慢冷却至室温(约6小时),促使c-kit-1形成四聚体构型。
1.2.3 样品与修饰电极的孵育和酶催化
将上述1.2.2中c-kit-1修饰的金电极与100 μL含有不同浓度PARP的反应溶液(50 mM Tris-HCl,50 mM KCl,2 mM MgCl2,50 μM Zn(OAc)2,pH 7.4)25℃ 孵育1小时,再将电极浸泡于100 μL含有500 μM NAD+ 反应溶液中,25℃ 孵育1小时。
1.2.4 PARP的电化学检测
将经过上述1.2.3处理的电极置于5 mL 含5 μM六氨合钌(RuHex)的缓冲溶液(10 mM Tris-HCl,pH 7.4)中,进行电分析定量检测。本检测采用的电化学工作站(CHI 660E),以饱和甘汞电极为参比电极,铂电极为对电极。使用的扫描方法为方波伏安法,参数设置:初始电位-0.5 V,终止电位-0.2 V,电位增量0.004 V,振幅0.025 V,频率30 Hz。PARP越多,吸附的电信号分子RuHex也就越多,因此,得到的电化学信号也就越大。以RuHex的电化学信号为纵坐标,PARP的浓度为横坐标,绘制标准曲线,计算PARP的浓度,即可实现PARP的灵敏检测。