1.5 高级结构预测及建模评价

    利用SOPMA软件对蛋白质的二级结构进行预测，利用Expasy网站上的Swiss-Model同源建模，预测其三级结构，利用Ramachandran对三级结构的预测结果进行评价。

1.6小麦COXVIIa蛋白的垂直同源比较和进化分析

    利用FASTA和BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）进行相似性搜索，蛋白的序列一致性为25-30%，则可认为同源序列。 利用DNAman 软件对小麦COXVIIa序列与其搜索的且相似性较高的同源序列进行垂直比较，从而建树。

2.结果与分析

2.1小麦COX VIIa序列的基本理化性质分析

   利用Protparam工具对该蛋白基本理化性质进行预测，结果如下表（表1），该蛋白质的分子式为C1509H2521N499O625S145，其氨基酸数为499，相对分子量为42303.2，理论等电点（PI）为5.15，20种基本氨基酸中该蛋白含其中的18种（表1），含量最高的是Leu（10.1%）和Lys（10.1%），无Cys和Trp的存在。该蛋白质的稳定系数为36.62，为稳定蛋白，脂肪系数为23.25，其水溶液在280nm处的消光系数为9000，总平均亲水性为0.879，表明该蛋白的疏水性和亲水性在总体上是相对比较平衡的。

表 1  小麦COX VIIa序列蛋白氨基酸组成

Table 1 Amino acid composition of VIIa COX protein in Wheat

氨基酸 比例（%） 氨基酸 比例（%） 氨基酸 比例（%） 氨基酸 比例(%)

Ala(A) 5.8 Arg(R) 4.3 Ile(I) 7.2 Pro(P) 4.3

Cys(C) 0 Asn(N) 2.9 Leu(L) 10.1 Ser(S) 5.8

Gly(G) 8.7 Asp(D) 1.4 Lys(K) 10.1 Tyr(Y) 5.8

Thr(T) 4.3 Gln(Q) 5.8 Met(M) 4.3 Trp(W) 0.0

His(H) 2.9 Glu(E) 5.8 Phe(F) 4.3 Val(V) 5.8

2.2小麦COX VIIa序列亚细胞定位, 跨膜与疏水性分析

亚细胞定位分析结果表明，小麦COX VIIa蛋白位于线粒体（Mitochondria）中，其可靠性指数（RI）为2，预测精度( Expected Accurcy )为74%。

跨膜与疏水性分析结果(表2)表明，小麦COX VIIa蛋白在36-58AA处存在一个显著的跨膜区(图1)，在跨膜区的两侧，1~35AA位于膜外，58-69AA位于膜内。利用ProtScale程序对小麦COXVIIa蛋白进行疏水性分析（如图2），该项分析表明在小麦COXVIIa蛋白序列的36-58 AA位置处存在一个明显的疏水性区域。