CcOI含有12个以三重轴对称方式排列在膜中的跨膜螺旋结构，其分布在膜外的部分很少，是细胞色素C氧化酶亚基中最大且最为保守的亚基[3]。在CcOI结构中还含有2个血红素，一个为螺旋化程度底的的血红素a（hemea），另一个为螺旋化程度高的血红素a3（hemea3），其中血红素a3与铜离子（CuB）一起形成的双核中心是O2的还原催化部位。而hemea则被认为在电子传递的过程中发挥着作用[4]。

油菜（BrassicanapusL.）为十字花科植物，作为世界四大主要油料作物之一，其产量居世界油料作物产量的第3位[5]。油菜的线粒体基因组较其它植物的线粒体基因组小。通过对油菜线粒体CcOI蛋白亚基进行研究，有助于进一步加强我们对CcO蛋白的整体结构域功能的认识。而利用生物信息学同源建模方法是获得蛋白质结构的最快方法，也是目前非试验方法获得蛋白高级结构的最可靠方法。本文主要对油菜CcOI蛋白亚基进行高级结构预测和评价分析，以获得其功能信息。

1材料和方法

1.1序列来源数据库

从美国国立信息技术中心NCBI GeneBank数据库中查询下载油菜线粒体CcOI蛋白亚基序列，如下：

>gi|353526672|ref|YP_004927841.1|cox1(mitochondrion)[Brassicarapasubsp.oleifera]MKNLVRWLFSTNHKDIGTLYFIFGAIAGVMGTCFSVLIRMELARPGDQILGGNHQLYNVLITAHAFLMIFFMVMPAMIGGFGNWFVPILIGAPDMAFPRLNNISFWLLPPSLLLLLSSALVEVGSGTGWTVYPPLSGITSHSGGAVDLAIFSLHLSGVSSILGSINFITTIFNMRGPGMTMHRLPLFVWSVLVTAFLLLLSLPVLAGAITMLLTDRNFNTTFFDPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGIISHIVSTFSGKPVFGYLGMVYAMISIGVLGFLVWAHHMFTVGLDVDTRAYFTAATMIIAVPTGIKIFSWIATMWGGSIQYKTPMLFAVGFIFLFTIGGLTGIVLANSGLDIALHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFALFAGFYYWVGKIFGRTYPETLGQIHFWITFFGVNLTFFPMHFLGLSGMPRRIPDYPDAYAGWNALSSFGSYISVVGICCFFVVVTITLSSGNNKRCAPSPWALELNSTTLEWMVQSPPAFHTFGELPAIKETKSYVK

1.2生物信息学分析方法及软件

1.2.1理化性质预测结果

以软件Protparam（http://web.expasy.org/protparam/）计算油菜线粒体CcOI蛋白亚基的基本理化性质；

1.2.2跨膜与疏水性分析

以ProtScale软件方法预测油菜线粒体CcOI蛋白亚基的疏水性，TMHMM软件进行其跨膜分析。

1.2.3基因的电子表达和保守域分析

通过采用Unigene和EST数据库对油菜线粒体CcOI蛋白亚基电子表达谱进行分析。利用GSDS软件预测基因结构；利用mega5工具进行保守域分析。