1.2生物信息学分析方法及软件

利用软件Protparam对6种植物液泡转化酶的氨基酸残基数、等电点、消光系数、分子式及氨基酸的组成等理化性质进行分析。

利用软件TMHMM分别获取6种植物液泡转化酶蛋白的跨膜结构域预测图；利用软件SignalP-4.1预测植物液泡转化酶的信号肽并分析其是否有信号肽位点；利用软件TargetP分析植物液泡转化酶蛋白序列的亚细胞定位；利用软件NetPhos对植物液泡转化酶的磷酸化进行分析；使用下载的软件DNAman制作6种植物液泡转化酶蛋白序列的同源比对图，并且构建进化树分析其进化上的远近。

利用软件SOPMA预测各植物液泡转化酶的二级结构并分析其结构组成。利用软件GlobPlot可以较为直观的得到各植物液泡转化酶序列的紊乱区及球形区的区间示意图。

最后利用软件GENO3D预测并分析高粱液泡转化酶蛋白的三级结构[5]。

2生物信息学分析

2.1基本理化性质分析

利用软件Protparam对6种植物液泡转化酶的氨基酸残基数、等电点、消光系数、分子式及氨基酸的组成等基本理化性质进行分析，得到下表（表1、2）中的数据。如菜豆（AAB68679.1）的分子式是C3265H4968N876O976S18，有651个氨基酸，含量最高的是丙氨酸(Ala6.5%)和亮氨酸(Leu8.4%)，等电点是5.96，不稳定指数是34.22，表明其较为稳定。