摘要：本研究从NCBI数据库中查询下载了油菜BnCOXⅦa蛋白亚基序列，利用生物信息学技术和方法，对其基本理化性质、电子表达，亚细胞定位,跨膜与疏水性、保守域、高级结构等方面进行分析和预测。对油菜BnCOXⅦa蛋白亚基进行基本理化性质预测，结果表明，该蛋白质由68个氨基酸组成，分子量为7684.0，分子式为C344H565N93O97S4，其理论等电点为9.90，含有18种基本氨基酸，属于稳定蛋白；亚细胞定位结果表明，该蛋白为分泌蛋白，位于线粒体（Mitochondria）中；该蛋白在36~58AA处存在一个显著的跨膜区。电子表达分析，结果表明，该基因在花、花冠、花序、根等组织中表达较高，而在愈伤组织、茎秆、叶片以及种子等组织中表达较低，油菜BnCOXⅦa蛋白的三级结构显示，其由2段α螺旋通过无规则卷曲组成，属于全α蛋白，这与其二级结构预测结果一致。

关键词：油菜；BnCOXⅦa蛋白亚基序列；同源比较；生物信息学分析

Rapeseed BnCOX Ⅶa Subunits Properties and Structure Analysis

Abstract: In this study, rapeseed BnCOX Ⅶ protein subunits sequence was downloaded from NCBI database, we analyzed and predicted its basic physical and chemical properties, electronic expression, subcellular localization, across the membrane and hydrophobic, conservative domain, advanced structure through bioinformatics technology and method. The prediction of protein subunits of basic physical and chemical properties showed that the protein is composed of 68 amino acids, the molecular weight was 7684.0, formula was C344H565N93O97S4, its theoretical isoelectric point 9.90, contains 18 kinds of essential amino acids, belongs to the stable protein; Subcellular localization results showed that the protein was secreted protein, located in the Mitochondria (Mitochondria); it contained one significant transmembrane regions, the alignment region were 36-58 bp. Electronic expression analysis showed that the gene express very high in the flower, corolla, inflorescence and root, but was very low in the callus, stem, leaf and seed tissue; rapeseed BnCOX Ⅶ  protein tertiary structure showed that the protein belongs to the alpha protein ,consists of 2 period of alpha helix through random curl . Thus, the result is  consistent with secondary structure prediction.

Key words :Rapeseed; COX Ⅶa subunit sequence; Homology search; Bioinformatics analysis

目录

摘要 1

引言 2

1材料和方法 2

1.1材料来源 2

1.2蛋白的理化性质分析分析 2

1.3蛋白的染色体位置与亚细胞定位分析 3

1.4蛋白的跨膜与疏水性分析 3

1.5电子表达、保守结构域分析 3

1.6二级结构和三级结构预测，对三级结构预测结果的评价 3

1.7同源比较和进化分析 3

2结果与分析

2.1基本理化性质分析 3

2.2染色体位置，亚细胞定位,跨膜与疏水性分析 4

2.3蛋白的跨膜与疏水性分析 4

2.4电子表达、保守结构域分析 6

2.4.1电子表达分析 6

2.4.2保守结构域分析 7

2.5二级结构分析 7

2.6三级结构预测，对三级结构预测的评价 8

2.7同源比较和进化分析 9

3结果与讨论 9

参考文献 11

致谢 12

油菜BnCOXⅦa蛋白亚基序列特性及结构分析

引言

油菜是世界上四大油料作物之一，而且我国的需求量巨大，生产量已不能满足我国的需求，所以运用一种科学的、有效的方法来提高我国的油菜产量已经变得极其重要。又由于近年来，运用生物技术以及生物信息学的手段来对油菜进行新型分子育种的新兴技术已经越来越成熟，所以我们应该更加成熟、熟练地运用这种技术。

COX与炎症、胃肠、肾和心血管等疾病密切相关。最近有研究表明，COX的几个亚基在一些诱导下表达出改变其酶的活性或者功能[1-2]，另外，在中国春小麦3B染色体上发现COXc和b和COX亚基基因有些相似，但还有待进一步验证[3-5]。通过对COX不同亚基研究的分析可以知道，COXVIIa可能有很强大的功能，而且COX是一个大家族，它的亚基小家族的结构各不相同，因为每个亚基的结构不同，所以导致了每个亚基的功能也不尽相同。而到目前为止，有关COXVIIa的研究还很少，它的结构和功能也不清楚。所以，分析COXVIIa序列特性和进化成为了一个极需要我们来解决的问题[6-7]。