浙江菊科野蓟两个类型的比较研究(4)

ITSITS-1AGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGG ITS-4TCCTCCGCTTATTGATATGC trnL-Ftrn-cCGAAATCGGTAGACGCTACG trn-fATTTGAACTGGTGACACGAG 表5叶绿体和核基因片段PCR扩增反应程序 引物类型步骤温度℃时


ITS ITS-1 AGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGG

ITS-4 TCCTCCGCTTATTGATATGC

trnL-F trn-c CGAAATCGGTAGACGCTACG

trn-f ATTTGAACTGGTGACACGAG

表5叶绿体和核基因片段PCR扩增反应程序

引物类型 步骤 温度℃ 时间 目的

叶绿体片段

() Step  1 94 3 min 模板预变性

(Chloroplast) Step  2 94 1 min 模板变性

Step  3 55 1 min 退火

Step  4 72 1 min30s 延伸

Step  5 go to Step 2 37cycles

Step  6 72 7 min 延伸

Step  7 4 ———— 保温

核基因片段

Step  1 94 3 min 模板预变性

(Nuclear) Step  2 94 30 s 模板变性

Step  3 55 30 s 退火

Step  4 72 1 min 延伸

Step  5 go to Step 2 35 cycles

Step  6 72 10 min 延伸

Step  7 4 ———— 保温

PCR 扩增反应结束后,采用的是1x TBE配置的1.5%低熔点琼脂糖,待其凝固后,将3μl PCR扩增产物,加入到点样孔中。电泳电压为120 V,时间大约20 min,电泳缓冲液为1x TBE,使用柯达凝胶图像系统对胶块进行观察并摄影记录,观察到的扩增条带明亮,清晰。

1.2.3. 序列编辑和系统发育分析

PCR产物(未纯化)送往上海生工工程Sangon Biotech生物公司进行双向DNA测定。测序仪器为3730XL DNA Analyzer,测序选用的试剂为BigDye terminator v 3.1。测序引物与扩增所用引物相同。将得到的测序结果,序列的拼接、比对用ClustalX 1.83软件,并加以手工校对。排好的序列用PAUP* 4.0b10构建最大简约树(Maximum Parsimony, MP),最大简约树用启发式搜索(heuristic search),1000次随机序列加入,TBR枝长交换。采用1000次重复取样自展分析(Bootstrap)评估系统树的分支的自展支持率[11]。