1材料与方法 1.1实验材料 提供实验的材料为森林草莓幼苗,来自于本实验室保存。分别取森林草莓的幼根、匍匐茎、匍匐茎尖、果实等组织,摘取后迅速放
1材料与方法
1.1实验材料
提供实验的材料为森林草莓幼苗,来自于本实验室保存。分别取森林草莓的幼根、匍匐茎、匍匐茎尖、果实等组织,摘取后迅速放入液氮中进行速冻,保存于-80℃冰箱。
实验所用的Plant Total RNA Isolation Kit Plus 试剂盒购自成都福际生物技术有限公司,RT-PCR反转录试剂盒(Prime Script TMRT reagent kit with gDNA eraser,TaKaRa,Daliang,China)、rTaq酶、dNTP Mixture、10×PCR buffer均购自TaKaRa试剂公司(Dalian,China),凝胶回收E.Z.N.A. Gel Extraction Kit 试剂盒购自北京全式金生物技术(TransGen Biotech)有限公司以及DEPC处理过的无菌双蒸水。
1.2实验方法
1.2.1数据检索
草莓、水稻、拟南芥、番茄的SWEET基因家族成员的相关信息主要来自于phytozome网站(https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html)。
1.2.2草莓SWEET基因的鉴定
为了鉴定草莓SWEET基因,首先在森林草莓全基因组的蛋白序列库中查找包含有MtN3结构域序列的基因,将搜索得到的候选蛋白质去除冗余,将列表过滤,仅保留包含有两个三螺旋束重复(具有 2 个特定 MtN3/saliva 结构域)的基因,总共获得了12个SWEET序列。
1.2.3森林草莓SWEET的蛋白序列进化分析
利用 MEGA4.0 进行 ClustalW 联配,通过邻接法(Neighbor-Joining)对 SWEET 家族 17 个拟南芥基因、21 个水稻基因、12个草莓基因进行系统进化树构建,生成 SWEET 糖转运蛋白家族无根进化树。根据 SWEET 系统进化树所得自举值(主要以60为界),将家族中拟南芥、水稻和森林草莓 SWEET 基因划分为 4 个亚族,分别为A1、A2、A3和B1亚族。
1.2.4 SWEET在森林草莓各组织中的表达
为了解SWEET在森林草莓各组织中的表达量,我们对kang等人发表的森林草莓叶片、幼苗以及果实发育不同时期的转录组数据进行了分析[16],将FvSWEET基因的表达数据进行处理,将获得的数据利用MeV软件制作基因表达的热点图,从而对森林草莓中叶片、幼苗、果实发育前期不同部位SWEET的表达量进行分析。
1.2.5 森林草莓总RNA的提取与反转录
分别选取森林草莓的根部、匍匐茎、叶片、匍匐茎尖、果实等部位放入液氮速冻后进行研磨,每个部位分别称量约0.1g,各3个重复。
提取RNA使用Plant Total RNA Isolation Kit Plus试剂盒,根据制造商的说明书进行总RNA的提取。然后,使用质量浓度为1%的琼脂糖凝胶检测总RNA的质量。按照说明书进行行反转录。
表1 Step1反应体系
组成成分 使用量 (μl)72℃ 10 min,立即放在冰上5 min,使RNA变性,然后添加其他试剂进行反转录:
表2 Step2反应体系
37℃ 反应10 min,然后42℃ 1 h,再70℃变性15 min,反应完成后放置在冰上,进行下一步的基因扩增。