虽然PlyGBS1249的裂菌活性已经确认,但对其结构域的功能分析和关键结构域仍尚未明晰,因此本文拟通过分段表达 PlyGBS1249 结构域(MurNAc-LAA;LysMR;CHAP),
虽然PlyGBS1249的裂菌活性已经确认,但对其结构域的功能分析和关键结构域仍尚未明晰,因此本文拟通过分段表达 PlyGBS1249 结构域(MurNAc-LAA;LysMR;CHAP),比较分段后蛋白的裂解特性和基本作用,来确定其核心功能域和活性片段,进而为改造裂解酶提供重要实验数据。
1 材料与方法
1.1 实验材料
1.1.1 菌种来源
所用猪链球菌CZ130302强毒菌株,分离自2013年3月至5月江苏常州某猪场大量断奶仔猪发病个体,由本实验室保存。
实验所有pET-28a 载体由Takamatsu 构建。
商品化的大肠杆菌DH5α株感受态及BL21 株感受态都购自北京博迈德生物公司,由本实验室保存。
1.1.2 主要试剂与仪器
主要试剂有:
1. LB 液体培养基(酵母提取物5g、蛋白胨10g、氯化钠10g,定容至1L,115℃高压蒸汽灭菌20min)
2. LB 固体培养基(酵母提取物5g、蛋白胨10g、氯化钠 10g、琼脂5g,定容至1L,115℃高压蒸汽灭菌20min,当温度降至55℃左右,加入卡那抗性至终浓度为50μg/mL,后倒入无菌一次性培养皿中,冷却后保存在4℃)
3. IPTG(异丙基—β—D—硫代半乳糖苷)
4. 5×PBS(NaCl 40g,KCl 1g,KH2PO4 1g,,Na2HPO4 3.05 g,定容至1 L,稀释5倍使用)
5. 上清溶解buffer(0.5M NaCl 14.61g、20mM Na3PO4 3.8g、30mM 咪唑1.02g,定容至500mL)
6. 上清洗脱缓冲液(0.5M NaCl 14.61g、20mM Na3PO4 3.8g、0.5M 咪唑17.02g,定容至500mL)
7. 冻存液(50%甘油缓冲液)
8. 蛋白胶染色液(考马斯亮蓝R250 1.2g/L ;甲醇:水:乙酸 (5:4:1 或 4.5:4.5:1))
9. 蛋白胶脱色液(甲醇:水:乙酸 (5:4:1 或 4.5:4.5:1))等。
主要仪器有:
低温高速离心机、紫外凝胶成像系统、恒温水浴锅、PCR仪、超声波破碎仪、恒温振荡培养箱、核酸凝胶电泳系统、凝胶成像系统、蠕动泵、超滤浓缩管等。
1.1.3 引物设计
用Oligo6.24 设计引物后,送至擎科公司合成猪链球菌裂解酶PlyGBS1249结构域(MurNac-Laa;LysMR;CHAP)的上下游引物。
表1-1 本研究中所用到的引物
引物名称 引物序列 酶切位点
1249-MurNAc-LAA-F CATGCCATGGGTCATGGACAGGGGCGAAC NcoI
1249-MurNAc-LAA-R CCGCTCGAGTCCTGTTATTGCTGACACAAG XhoI
1249-LysMR-F CATGCCATGGGGCAGACCTATCAAGCACAGAAA NcoI
1249-LysMR-R CCGCTCGAGAACCTTGAGTGTTTGCCCAAC XhoI
1249-CHAP-F CATGCCATGGGACAGTGTGTTGCCTTGGTG NcoI
1249-CHAP-R CCGCTCGAGATTCTGTTCCACACCATCAATAC XhoI
1.2 方法
1.2.1 获得目的基因和质粒提取
1.2.1.1 获得目的基因
模板为猪链球菌裂解酶PlyGBS1249基因组
PCR反应体系为:
Prime-star高保真酶 25μL
上游引物 2μL
下游引物 2μL
模板 2μL
ddH2O 19μL50μL
体系反应条件为30个循环(98℃变性10s,55℃退火15s,72℃延伸1min/1000bp),72℃延伸10min。
MurNac-Laa的Tm为52.6℃,片段大小为489bp,;LysMR的Tm为51.5℃,片段大小为135bp;CHAP的Tm为52℃,片段大小为249bp。
用1%琼脂糖凝胶电泳检测 PCR 产物片段大小,片段回收试剂盒回收目的片段。
片段回收具体步骤如下:
(1)回收后目的片段加入Binding Buffer于吸附柱中,比例为1:1,>12000g离心1min;
(2) 回柱,>12000g离心1min;
(3) 弃滤液,加700μL Wash Buffer,>12000g离心1min;
(4) 重复(3)
(5) 弃滤液,空离1min,风干吸附柱2-3min;