H9N2亚型禽流感病毒NJ01株全基因序列分析及保真片段的克隆(3)

1)收集样品200μL,转入1.5mL EP管中,若样品中有细胞或细菌的污染1,可先12000×g离心5min,取上清200μL作为样品。 2)加入200μL Buffer V-L,漩涡震荡混合均匀


1)收集样品200μL,转入1.5mL EP管中,若样品中有细胞或细菌的污染1,可先12000×g离心5min,取上清200μL作为样品。

2)加入200μL Buffer V-L,漩涡震荡混合均匀,静置5min1。

3)加75μL Buffer V-N,漩涡震荡混合均匀,12000×g离心5min1。

4)将上清转移到2mL EP管中,加入300μL异丙醇(确保已加入1%冰醋酸),并上下倒置6-8次,充分混合均匀1。

5)将制备管置于2mL EP管中1,吸取步骤4中的混合液移入到制备管中1,6000×g离心1min1。

6)弃滤液,将制备管置回到2mL EP管中1,加500μL Buffer W1A,室温静置1min。12000×g离心1min。Buffer W1Aconcentrate中确认已按照试剂瓶上制定的体积加入无水乙醇。

7)弃滤液1,将制备管置回2ml EP管中0,加800μL Buffer W22, 12000×g离心1min1。Buffer W2 concentrate中确认已按照试剂瓶上标注的体积加入无水乙醇。

8)将制备管置回2mL EP管中11,12000×g离心1min1。

9)将制备管置于洁净的1.5mL EP管中,在制备管的膜中央加40-60μL Buffer TE(无核酸酶),室温静置1min1。12000×g离心1min1洗脱RNA1。

RNA提取完成后立即进行反转录获得cDNA。体系为(50μL):

5×RT buffer 10μL

RNasin 1.5μL

10mMdNTPs 4μL

AMV反转录酶 2μL

RNA   28.5μL

Uni-12随机引物 4μL

瞬时离心,42℃作用2h,得cDNA模板,于-20℃冻存。

1.2.4 目的片段的扩增与纯化  

以反转录所得的cDNA为模板,分别扩增PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS基因全长,体系为(50μL):

程序为:94℃预变性2min1;进入第一个循环程序:94℃ 30s,52℃ 45s,72℃延伸2min1,共15个循环;完成后进入第二个循环程序:94℃ 30s,58℃ 45s,72℃延伸2min1,共25个循环,最后72℃延伸7min1,PCR程序结束。待PCR仪降至4℃取出样品,每管加入10μL 6×Loading Buffer进行0.1%琼脂糖凝胶电泳,并按照Axygen DNA Gel Extraction Kit说明书回收目的片段。具体操作如下:

1)紫外灯下将含有目的基因的琼脂糖凝胶块切下1,擦净胶块表面液体及碎屑,计算凝胶重量(减去1.5mL EP管的重量),将此重量记录为一个凝胶体积(例:100mg=100μL体积)。

2)加入三倍凝胶体积的Buffer DE-A溶液,混合均匀后75℃水浴加热,每2-3min混合一次,约6-8min1后凝胶块完全融化,形成均一紫红色液体。

3)加入0.5个Buffer DE-A体积的Buffer DE-B溶液,上下倒置,混合均匀,形成均一的黄色溶液。

4)将步骤3中的混合液,吸取到DNA制备管(置于2mL EP管)中,12000×g离心1min,弃滤液1。

5)将制备管置回2mL EP管中,加入500μL Buffer W1溶液, 12000×g离心1min1,弃滤液1。

6)将制备管置回2mL EP管中,加700μL Buffer W2溶液, 12000×g离心30s,弃滤液1。再次用700μL Buffer W2溶液洗涤一次,12000×g离心1min1,弃滤液1。Buffer W2 concentrate中确认已按照试剂瓶上标注的体积加入无水乙醇。

7)将制备管置回2mL EP管中,12000×g离心1min1。

8)将制备管置于洁净的1.5mL EP管中,在制备管膜中央加25-30μL Eluent(去离子水也可),室温静置1min1。12000×g离心1min1,洗脱DNA1。所得胶回收DNA保存于-20℃。