1 材料与方法

1.1 物种抽样与序列下载

本研究涉及到的物种是菜豆，菜豆是一种重要的豆科植物，其全基因组序列已经被测定。一方面，以拟南芥AtNAC蛋白为检索序列[11]，采用BLAST同源检索方法在菜豆基因组中搜索相应的同源序列，下载这些序列；另一方面，以拟南芥和水稻NAC蛋白的核心结构域区段为检索序列，在菜豆基因组中BLAST搜索相应的同源区段，下载具有这个保守同源区的序列。将两种途径得到的菜豆NAC候选蛋白提交到Pfam工具[12]进行分析，含有NAM功能结构域的蛋白被认定为菜豆的NAC家族成员。同时，下载这些菜豆NAC家族成员的核酸、编码以及蛋白序列。

1.2 菜豆NAC基因的结构分析

为获取菜豆NAC基因的结构组织模式，本研究将这些基因的DNA和CDS序列进行比较，鉴定出菜豆NAC基因的剪接模式，利用GSDS 2.0在线工具[13]绘制出基因的结构图。

1.3 菜豆NAC基因的染色体定位分析

为阐明菜豆NAC基因在染色体上的位置，我们利用这些基因的核酸序列作为探针，通过同源搜索策略鉴定出这些探针在染色体上最佳匹配区，认为这些菜豆NAC基因定位相应的染色体区域。染色体定位图由GGT软件[14]绘制完成。

1.4菜豆NAC基因的转录活性分析

本研究为了考察菜豆NAC基因的表达情况，根据菜豆已经发表的转录组分析数据[15]，基于转录组数据，直接检索出菜豆NAC基因的RPKM值。将RPKM值直接利用R软件进行Z-score值转化，根据菜豆NAC基因的Z-score值绘出表达热图。

1.5菜豆NAC蛋白的序列特征分析

为了比较分析菜豆NAC蛋白的序列特征，首先鉴定这些NAC蛋白的保守基序，保守基序组成模式的鉴定由MEME在线工具[16]完成。MEME软件鉴定保守基序时所用参数为：保守基序长度与宽度12-180aa，最大保守基序为20，E值为1e+3。此外，利用Pfam工具对菜豆NAC蛋白进行功能结构域鉴定，并对保守基序与功能结构域进行详细比较。

1.6 菜豆NAC蛋白的系统进化分析

基于NAC蛋白全长序列，利用拟南芥、水稻和菜豆的NAC家族成员为对象，进行序列比对分析，并构建相应的系统进化树。具体过程为：在参数默认的条件下，利用Clustal X[17]进行序列比对；接着利用MEGA软件[18]中的NJ方法构建系统进化树。